Kleinneundorf wurde 1324 als Nuwen dorfchene = das neue Dorf erstmals urkundlich genannt und dürfte in der letzten Besiedlungsperiode Ende des 13. Jh. entstanden sein. 1414 wurde der Ort Newendorf ob Zell = Neundorf oberhalb Zella genannt. Zur Unterscheidung von Großneundorf bei Gräfenthal wurde später der Zusatz Klein- verliehen.

Kleinneundorf gehörte im Jahre 1414 zur Grafschaft Orlamünde-Lauenstein, zudem war es Zinsdorf der Benediktinerabtei Saalfeld im Bereich der Propstei Zella. Es wurde später dem Amtsbezirk Gräfenthal angegliedert.

Im Jahre 1858 gab es im Dorf 15 Wohnhäuser mit 125 Personen in 22 Familien. Der größte Teil der Einwohner betrieb Landwirtschaft, wobei die Viehzucht in Form von Rinder- und Schafhaltung aufgrund der Hanglage der Gemarkung vorherrschte.

Schieferabbau erfolgte im Blaubruch an der Talwand des oberen Reichenbaches und im Dorfbruch südlich der Ortslage.

Die Ortsstraße Kleinneundorfs gehört zu den steilsten Fahrstraßen in Thüringen.

Kleinneundorf wurde 1957 nach Probstzella eingemeindet, mit dem der Ort stets kirchlich und schulisch verbunden war.

Geschichtliches